국세청, 외형 3천억이상 법인 5년주기 조사

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법인세 사무처리규정 개정...12.26일까지 의견제출 받아
국세청, "정기조사 상설화...기업회계 투명성 강화 될 듯"

김현호 기자 hyun@bokuennews.com / 2013.12.13 10:18:37



▲ 국세청이 국세행정 쇄신방안의 일환으로 외형 3천억이상 대법인에 대해서도 5년 주기 정기 순환조사를 실시, 세무회계 검증을 강화하는 등 납세자의 세무조사에 대한 예측 가능성과 조사대상 선정의 객관성-투명성을 높이기로 했다. 국세청은 이같은 법인세 사무처리규정 개정안을 행정예고 하고 납세자의 의견을 수렴 중이다.

국세청이 외형 3천억원이상 대기업 법인에 대한 5년 주기 정기 순환조사를 실시하기로 하고 이에 따른 법인세 사무처리규정을 개정하기로 했다.

그 동안 국세청은 외형 5천억원이상 대법인에 대해서만 5년 주기 순환조사를 실시해 왔다. 이로 인해 일부 기업은 특별(심층)조사까지 받게되는 경우도 발생, 이를 두고 세간에 정기조사 일뿐 여러가지 해명을 하곤 했다.

실제로 국세청이 실시하는 일반 정기조사는 ▲조사 전 사전통보와, ▲사안에 따라 금융조사를 실시하지만, 탈세혐의만 확보되면 사전통보 없이 ▲회계장부 예치 등을 전격 실시하는 심층조사와 대별된다.

국세청의 한 관계자는 "이번 외형 3천억원 이상 대법인에 대한 5년 주기 순환조사는 좀 더 많은 대법인이 국세청으로부터 세무회계에 대한 정당한 세무검증 절차를 거치는 등 심층조사를 피해갈 수 있는 선순환의 세무조사라고 볼 수도 있다"고 말했다.

이에 앞서 국세청은 지난달 18일 ‘국민 신뢰 회복을 위한 국세행정 쇄신방안’의 하나로 신설한 세무조사감독위원회(위원장. 안대희 전 대법관)가 개최한 첫 회의를 열었다.

이 날 회의에서 세무조사감독위는 대기업 법인에 대한 순환조사 방식을 3000억원 이상 법인으로 확대하기로 했다. 감독위는 이 방안의 후속조치로 이같은 법인세 사무처리 규정(국세청 훈령) 개정 작업에 착수했다.

한편 국세청은 법인세 사무처리규정 개정과 관련, "일정한 조사주기를 적용함으로써 납세자의 세무조사 예측 가능성과 조사대상자 선정의 객관성과 투명성을 높이기로 했다"면서, "이를 위해 연간 수입금액 3000억∼5000억원 구간 법인의 정기조사 대상 선정기준을 5년 주기 순환조사로 전환하기로 하고 관련 사무처리규정 개정안을 행정 예고했다고 밝혔다.

■ 국세청, 법인세 사무처리규정 개정[2013.12.5 개정하고...12.27일부터 시행 예정]

▶ 국세청 훈령 제 0000호(2013. 12. 27)

☞법인세 사무처리규정

-제 정 1980.12.31 국세청훈령 제 812호

개 정 1984.12.24 국세청훈령 제 940호

개 정 1991. 8.28 국세청훈령 제1099호

개 정 1997. 3. 3 국세청훈령 제1270호

개 정 1999. 1.18 국세청훈령 제1337호

전문개정 1999. 8.20 국세청훈령 제1369호

전문개정 2000.12.11 국세청훈령 제1450호

개 정 2003.12. 4 국세청훈령 제1541호

개 정 2004.12.24 국세청훈령 제1579호

전문개정 2007.12.14 국세청훈령 제1679호

개　 정 2009. 9.30 국세청훈령 제1786호

전부개정 2010. 3. 2 국세청훈령 제1816호

개 정 2010.12.27 국세청훈령 제1875호

개 정 2012. 3.12 국세청훈령 제1929호

개 정 2013.12.27 국세청훈령 제0000호

제1장 총 칙

제1조(목적) 이 규정은 법인의 납세관리에 필요한 기본적이고 공통적인 사항과 사무처리절차를 규정함으로써 체계적이고 효율적인 납세관리 및 사무처리에 기여함을 목적으로 한다.

제2조(정의) 이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다. 다만, 이 규정에 특별히 정하지 않는 것에 대해서는 ｢국세기본법｣ 및 관련 세법이 정하는 바에 따른다.

1. “총괄담당자”란 해당 내부업무를 총괄 관리하도록 세무서 법인세과장(“재산법인세과장” 또는 “세원관리과장”을 포함한다. 이하 같다.

▲제8장 정기조사 대상 선정

제1절 법인성실도 평가

제159조(신고성실도 평가) ① 신고성실도는 법인세․부가가치세 및 원천제세 등의 신고상황과 각종 세원정보 등을 반영하여 전산시스템에 따라 평가함을 원칙으로 하고, 세무조사 또는 평소 세원관리 결과에 따라 보완할 수 있다.

② 법인의 성실도는 ｢법인성실도 전산분석｣에 의해 귀속사업연도별로 평가한다.

제160조(법인성실도분석표 통보) 국세청장은 ｢법인성실도 전산분석｣에 따라 평가한 성실도 전산평가 자료를 정기 조사대상 선정전에 지방국세청장(세원분석국장) 및 세무서장(법인세과장)에게 통보한다.

제161조(법인성실도분석표 관리) 제160조에 따라 통보받은 각종 성실도 평가자료는 개별기업의 과세정보이므로 대외보안 등에 유의하여야 하며, 정기조사대상 선정업무를 담당하는 과장이 관리하여야 한다.

▲제2절 조사대상 선정

제162조(기본원칙) ① 지방국세청장(세원분석국장) 또는 세무서장(법인세과장)은 법인의 자율적인 성실신고를 담보하기 위하여 ｢국세기본법｣ 제81조의6(세무조사 대상자 선정)제1항에 따라 정기적으로 조사대상 법인을 선정하여야 한다.

② 법인 정기조사대상은 전산에 의한 성실도 평가결과와 미조사연도수 등 국세청장이 별도로 정하는 선정기준에 따라 공정하고 객관적으로 선정하여야 하며, 종사직원의 자의성을 배제하여야 한다.

③ 지방국세청장 또는 세무서장은 ｢국세기본법｣, ｢법인세법｣, ｢조세특례제한법｣ 등 세법에서 별도로 규정하는 경우에는 조사대상으로 선정하지 아니할 수 있다. 다만, 객관적인 증빙자료 등에 의하여 과소신고한 것이 명백한 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 지방국세청장 또는 세무서장은 법인 조사대상 선정에 있어서 ｢국세기본법｣ 제81조의3 및 제81조의4에 따라 납세자의 권리에 관한 세무공무원의 의무를 준수하여야 한다.

⑤ 기타 이 규정에서 따로 정하지 않는 사항은 ｢조사사무처리규정｣ 및 관련 지침에서 정하는 바에 따른다.

제163조(선정기준) ①｢국세기본법｣ 제81조의6에 따라 법인 정기조사 대상 선정시 연간 수입금액 3,000억원 이상의 법인은 ｢국세기본법｣ 제81조의6 제1항 제2호에 따라 5년 주기 순환조사를 원칙으로 선정한다.

② 제1항에서 규정하는 법인 외의 법인은 ｢국세기본법｣ 제81조의6 제1항 제1호에 따라 신고성실도 평가에 의한 선정을 원칙으로 하되, 연간 수입금액 50억원 미만의 신고성실도 하위그룹 법인은 ｢국세기본법｣ 제81조의6 제1항 제3호에 따라 무작위추출방식에 의한 선정을 병행할 수 있다.

③장기간 세무조사를 받지 아니하여 성실신고 여부 검증이 필요한 일정 규모이상의 법인은 신고성실도 평가결과와 관계없이 ｢국세기본법 시행령｣ 제63조의4에 따라 정기조사 대상으로 선정할 수 있다.

제164조(선정관할) ① 법인 정기조사 대상 선정은 법인의 성격, 사업규모 및 업무량 등을 감안하여 국세청장이 별도로 정하는 기준에 따라 지방국세청장 또는 세무서장이 담당한다.

② 지방국세청장은 세금탈루 규모, 조사의 난이도 등을 고려하여 제1항에 따른 선정관할을 변경한 경우에는 선정관할 변경내역을 관할 세무서장에게 조속히 통지하여야 한다.

제165조(선정할 법인수) ① 법인의 성실신고를 담보하기 위하여 매년 적정수준의 법인수를 정기조사 대상으로 선정하여야 한다.

② 조사대상 선정 법인은 지방청별․세무서별로 각 관할지역에 소재하는 법인의 전체 수입금액 규모, 법인수, 조사인력 등을 감안하여 합리적이고 균형있게 배분하여야 한다.

제166조(정기조사 선정법인 전산입력 및 인계) ① 지방국세청장(세원분석국장) 및 세무서장(법인세과장)은 정기조사대상법인을 확정한 경우에는 지체 없이 전산에 조사세목, 조사유형, 조사종류, 선정사유, 조사대상기간 등을 입력하여야 한다.

② 지방국세청장(세원분석국장) 및 세무서장(법인세과장)은 제1항에 따라 전산에 입력한 정기조사 대상법인에 대한 세원관리부서 담당자를 조사집행부서 담당자로 변경처리 하여야 한다.

제167조(정기조사 대상 선정결과 보고) 지방국세청장 또는 세무서장은 조사대상 선정 통계 등을 국세청장이 별도로 정한 보고서식에 따라 정기조사 대상 선정 확정일부터 7일 이내에 국세청장 또는 지방국세청장에게 보고하여야 한다.

제168조(유효기간) 이 훈령은 ｢훈령․예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정｣(대통령훈령 제248호)에 따라 이 훈령을 발령한 후의 법령이나 현실 여건의 변화 등을 검토하여야 하는 2015년 3월 11일까지 효력을 가진다.

▲부 칙(2010. 3. 2. 국세청훈령 제1816호)

제1조(시행일) 이 훈령은 2010년 3월 2일부터 시행한다.

제2조(경과조치) ① 이 규정 시행 전의 훈령․업무지침 규정중 이 규정과 다른 것은 이 규정에 따른다.

② 이 규정 시행 전에 구 ｢자산재평가법｣따라 재평가한 법인에 대한 사무에 관하여는 종전의 제147조부터 제164조까지의 규정에 따른다.

▲부 칙(2010. 12. 27. 국세청훈령 제1875호)

제1조(시행일) 이 규정은 발령한 날부터 시행한다

▲부 칙(2012. 3. 12. 국세청훈령 제 1929호)

제1조(시행일) 이 훈령은 2012년 3월 12일부터 시행한다.

▲부 칙(2013. 12. 27. 국세청훈령 제 0000호)

제1조(시행일) 이 훈령은 2013년 12월 27일부터 시행한다.

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